Association créée en 1997 à Bienne à l'instigation du Cercle d'étude historique de la Société jurassienne d'émulation, de Mémoire d'Erguël à Saint-Imier et du Musée du tour automatique et d'histoire de Moutier afin de permettre la conservation du patrimoine industriel jurassien, avec l'appui des Archives de l'État de Berne et de la République et Canton du Jura.
Le Centre jurassien d’archives et de recherches économiques (CEJARE) est fondé le 17 avril 2002 à Moutier. Il est issu des AIEJ (Archives industrielles et économiques jurassiennes), créées en 1997 par le Cercle d’études historiques (CEH) de la Société jurassienne d’Émulation (SJE), Mémoire d’Erguël et le Musée du Tour automatique de Moutier dans le but de sauvegarder, conserver et mettre en valeur les archives des entreprises du Jura et du Jura bernois. Dès juin 2002, le CEJARE s’installe avec Mémoires d'Ici (MDI) dans les locaux de la Fondation des Rameaux à Saint-Imier.
En 2019, Philippe Hebeisen (non crédité), Pierre-Yves Donzé et Joël Jornod publient L’industrie en images : un système technologique et industriel dans le Jura bernois, XIXe-XXIe siècle (Saint-Imier/Neuchâtel, CEJARE /Alphil, 2019) qui documente le tissu industriel et économique du Jura bernois et du Laufonnais.